ご存じとは思いますが、サンダーフォースIVでは最初の４ステージは攻略順を選択できます。
（これからここでは便宜上、ＭＤ版サンダーフォースIVの取扱説明書の表記に乗っ取り、コースセレクト画面での上を『ステージ１』、下を『ステージ２』、左を『ステージ３』、右を『ステージ４』としておきます。）
さて肝心（？）のＳＢＡの攻略順ですが、実はそのまま１→２→３→４だったりします。（笑）
当時ゲーム初心者だったこともあり、そこらへんを深く考えずにやってたのが原因ではありますが、このルートでそこまで問題は無いはずです。
一応、私の攻略ルートにはそれなりの理由も存在するので紹介すると、
ステージ１となっております。
ここでは上下方向への攻撃の必要がほとんど無いため、ツインショット（！）＆レールガン主体の攻略となり、武器選択の時間短縮と選択ミスを無くす目的で一番目となります。ステージ２
この面はステージ１と違い全方向から敵が襲って来るので効率的な武器選択が必要となります。この面を通過する時点でフリーウェイ以外の武器がそろうのですが、ステージ３とステージ４でハンターがとても重要なので無くさないようにしましょう。ステージ３
この面の最初でフリーウェイが手に入り武器が全てそろうのですが、ここはボスまではずっとハンターで進めるのでやられると立直しが難しくなります。ステージ４
この面もほとんどハンターで進めますが、ここには異常に堅いザコがいて、そこだけハンターがバカになるためレールガンに切り替えます。